1975年我国制定了肛瘘的统一分类法，该法提出以外括约肌深部划线为标志，瘘管经过此线以上者为高位，在此线以下者为低位。只有单一的内口、瘘管、外口者称为单纯性肛瘘有2个或2个以上内口或外口，或2条以上瘘管者称为复杂性肛瘘。目前此分类法已在国内被普遍采用。
1、低位单纯性肛瘘：只有1个瘘管，并通过外括约肌深部以下，内口在肛窦附近；
2、低位复杂性肛瘘：瘘管在括约肌深部以下，外口和瘘道有2个以上，内口有1个或几个，多在肛窦部位；
3、高位单纯性肛瘘：仅有1条瘘管，管道穿过括约肌深部以上，内口位于肛窦部位；
4、高位复杂性肛瘘：有2个以上外口，瘘管有分支，其主管道通过外括约肌深部以上，有1个或2个以上内口。